La recolección de datos debe ser precedida de una selección cuidadosa, de cuales enfermedades o condiciones serán objeto de vigilancia epidemiológica, así como de  que datos serán recolectados, indicando quien hará la recolección, cómo y con qué frecuencia. Deberá evitarse la recolección de datos superfluos. No deberán solicitarse datos para los cuales no se han previsto una utilización
específica.
Una vez definidos los datos necesarios, los pasos a seguir son:


1. Identificar las personas a servicios (Médicos, Auxiliares Hospitales, Registro Civil, Líderes Comunitarios) que puedan proveer datos.
2. Establecer instrumentos adecuados de transmisión de los datos entre los notificantes y el servicio de salud (formularios, visitar a los servicios, teléfonos, etc.) y, la frecuencia con que deban ser notificados.
3. Organizar registros simples de los datos en el servicio de salud (Tarjetas, Libros, Ficheros, etc.).

La recolección de datos requiere de un sistema de notificación que proporciona, en períodos definidos, datos confiables sobre el comportamiento de las enfermedades. Cuando se identifican las fuentes de notificación, deberá considerarse el personal y las instituciones que estén en mayor contacto con los casos de las enfermedades que son objeto de vigilancia. La adecuada identificación y selección de estas fuentes  de notificación será de gran valor para conocer la distribución y ocurrencia de las enfermedades hacer controladas. Además de estas fuentes regulares de notificación, es conveniente seleccionar un grupo de hospitales o clínicas que actúen como “puesto centinela”, y cuya notificación incluya la información epidemiológica necesaria. Si estos “puestos centinelas” son adecuadamente seleccionados, en función a la patología que atienden, la información que  proporcionen podrá servir, también para establecer un sistema para la detección precoz de situaciones de alarma y de brotes epidémicos.

El sistema de notificación, idealmente, debe cubrir toda la población del área. Cada uno de los centros de notificación deberá ser claramente seleccionado sobre el tipo de datos que deberá recolectar cuando identifiquen algún caso sospechoso de alguna de las enfermedades objeto de vigilancia. Habitualmente, los datos mínimos requeridos son: edad del paciente, su dirección fecha de inicio de los síntomas y, si fuera el caso, antecedentes de vacunación.

Cuando se tenga que realizar alguna investigación individual sobre los casos, el nombre también deberá ser anotado. Para cada uno de los niveles de notificación se deberá diseñar alguna forma que sistematice la recolección de los datos. La frecuencia con que estas formas deberán ser enviadas a los niveles superiores se establecerá de acuerdo a la capacidad de respuestas y de las acciones de control que serán ejecutadas.

El envío rutinario de las formas deberá realizarse aún en aquellas situaciones en que no se hayan detectado casos, de tal manera que los responsables de los programas de control conozcan la situación epidemiológica y sepan además que los centros de notificación están vigilando de manera activa y continua las enfermedades previamente convenidas. No todo los casos ocurridos en un área son notificados, sin embargo, es importante que sepan las razones que expliquen el sub-registro.

Cuando una persona se infecta en la zona de una jurisdicción de salud y la notificación proviene de otra, la autoridad que recibe el informe debe notificar a la primera lo ocurrido, sobre todo si la enfermedad exige el examen de los contactos para descubrir la fuente de infección o la investigación de los abastecimientos de agua, alimentos, vectores o reservorios como posibles vehículos. Además de la notificación sistemática de determinadas enfermedades, regularmente se exige la notificación especial de todas las epidemias o brotes de enfermedades, inclusive de aquellas que no aparecen en las listas de notificación obligatoria.

La Consolidación y presentación de los datos: es el agrupamiento y ordenamiento de los datos recolectados en tablas, gráficas, o mapas que pueden facilitar su análisis e interpretación. Análisis e interpretación: El análisis es una actividad que involucra primariamente un proceso de comparación de datos con el propósito de:

1. Establecer las tendencias de la enfermedad, a fin de detectar eventuales incrementos o descensos y/o cambios de su comportamiento.

2. Identificar los factores asociados con el eventual incremento o descenso de casos y/o defunciones, e identificar los grupos de mayor riesgo.

3. Especificar los puntos más vulnerables para aplicar las medidas de control. Las comparaciones pueden ser hechas en relación al tiempo, a las personas y a los lugares.